牡丹区下辖18个乡镇办事处：东城办事处、西城办事处、南城办事处、北城办事处、牡丹办事处、何楼办事处、皇镇街道办事处、沙土镇、吴店镇、王浩屯镇、黄堽镇、都司镇、高庄镇、小留镇、李村镇、安兴镇、大黄集镇、胡集镇。