自然环境

　　地　貌　菏泽市地处黄河下游，境内除巨野县有 10平方公里的低山残丘外，其余均为黄河冲击平原，地势平坦，土层深厚，属华北平原新沉降盆地的一部分。自西南向东北呈簸箕形逐渐降低，海拔高度为 68～ 37米，平均坡降为 1/4700。微地貌形态有河滩高地、缓平坡地、决口扇形地、垄岗高地、碟形洼地、沙质河槽地和背河槽洼地，以缓平坡地面积最大。黄河自河南省兰考县入境，流经辖区内的东明、牡丹区、鄄城、郓城四县区，境内全长157公里。南境沿曹县、单县边界有黄河故道，菏泽市地处古今黄河之间的三角地带内。境内地势平坦，土地肥沃，水资源丰富，便于发展陆运水运、水利设施、工业项目的建设和农林牧渔业的综合开发利用。地处北纬 34 °39′～ 35 °52′，东经 114 °45′～ 116 °25′之间。辖牡丹区、定陶区、曹县、成武、单县、巨野、郓城、鄄城、东明 2区 7县及1个省级经济技术开发区，1个高新技术开发区，168个乡、镇、街道办事处（乡 10个，镇 126个，32个街道办事处），6019个村（社区）。辖地南北长157公里，东西宽140公里，总面积12238.62平方公里。     
　　矿产资源　截至 2016年底，全市主要有能源矿产（煤、石油、天然气、地热）、金属矿产（铁、砂金）、非金属矿产（水泥用灰岩、制灰用灰岩、建筑石料用灰岩、砖瓦用粘土、水泥配料用粘土、水泥配料用页岩、白云岩、方解石）、水气矿产（地下水、矿泉水）四类十六种。已探明的有巨野煤田、单县煤田、曹县煤田和郓城高庄井田，探明或初步查明资源储量 80亿吨，占全省第二位。全市现已查明鄄城夏庄岩盐矿备案资源储量 3.57亿吨，远景资源量 10.76亿吨；单县杨楼岩盐矿备案资源储量 15.78亿吨，远景资源量超过 100亿吨。全市地热资源丰富，覆盖面广，可利用前景广阔。
　　水资源　菏泽市位于黄河与黄河故道三角地带，是华北平原新沉降盆地的一部分，除黄河滩区379平方公里为黄河流域外，其余11849平方公里均属淮河流域南四湖水系。黄河流经菏泽市西北边境，自东明县王夹堤村入境，流经东明县、牡丹区、鄄城县、郓城县，至高堂进入梁山境内，多年平均流经菏泽市水量428亿立方米，是菏泽市的重要客水资源。菏泽市内河主要有洙赵新河、东鱼河、万福河、太行堤河、黄河故道5个水系，流域面积大于300平方公里的河流18条，长949公里，丰枯变化大，属季节性河流。全市引黄灌区8处，机井保有量13.5万眼。菏泽市多年平均降水量661.6毫米，当地水资源总量为20.61亿立方米，人均水资源量243立方米/人。
　　动物资源.野生动物　共有陆生野生动物 300余种。鸟类 200余种，其中国家一、二级保护动物 20余种，为大天鹅、小天鹅、白额雁、灰鹤等。两栖类动物 8种，其中黑斑蛙和金线蛙为省重点保护动物。兽类 19种，其中属山东省重点保护野生动物 5种，分别是：赤狐、黄鼬、狗獾、豹猫、麝鼹。爬行类动物有无蹼壁虎、丽斑麻蜥、赤链蛇、黑眉锦蛇、白条锦蛇、红点锦蛇等 10种。
　　家养动物　菏泽是省乃至全国家畜禽养殖大市，域内养殖的家畜家禽主要有牛、马、驴、骡、猪、羊、兔、狗、猫、鸡、鸭、鹅、水貂、鹌鹑、鸽等，其中，牛、羊是强项，羊的饲养量居全国农区第一，占全省三分之一，养牛列全国第三位，是国家确立的牛、羊出口基地。鲁西黄牛体躯雄壮，肌肉发达，役肉兼用；青山羊体小省饲料，易管理，繁殖率高，毛皮是世界著名的三大毛皮品种之一；小尾寒羊具有生长快、繁殖率高、遗传性稳定的特点，肉裘兼用，鲁西黄牛、青山羊、小尾寒羊被称为三大“国宝”。斗鸡是中国珍贵禽类，仅在成武、鄄城、牡丹区有少量饲养。
　　水生动物.鱼类资源　据调查全市自然鱼类主要有鲤鱼、鲫鱼、草鱼、鲢鱼、鳙鱼、青鱼、鳊鱼、鲂鱼、鲶鱼、黄鳝、乌鳢、泥鳅、花鳅、黄颡、翘嘴鱼白、细鳞斜颌鲴、花鱼骨、麦穗鱼、棒花鱼、餐条、鱼旁鱼皮、虾虎鱼、鳜鱼、赤眼鳟等。这些鱼类主要分布于黄河、黄河故道、境内现行流水河道和其他故旧有水河道，以及水库、湖泊、坑塘、湿地等自然水体中。在资源量上，以鲫鱼、鲤鱼、草鱼、鲢鱼、泥鳅、麦穗鱼、棒花鱼、餐条等鱼类的资源量为多，尤其是鲫鱼、餐条等资源量较大。引进鱼类。引进鱼类主要有：福瑞鲤、豫选黄河鲤鱼、黄金鲫、异育银鲫、罗非鱼、台湾泥鳅、加州鲈鱼、斑点叉尾鮰、革胡子鲶等。罗非鱼、革胡子鲶为热带性鱼类，在市内不能自然越冬。
　　其他水生动物资源.自然资源　其他水生动物自然资源有中华鳖、乌龟、青虾、螺蛳、河蚌、青蛙、蟾蜍等。中华鳖主要分布于黄河，以及区内部分大水面及老坑塘中，其自然资源量处于下降趋势，然而人工养殖的资源量却不断增多。乌龟的资源量甚少，仅偶有发现。青虾分布较为广泛，尤以河道、自然坑塘分布为多。引进的水生动物。主要有南美白对虾、小龙虾、河蟹、红耳龟（巴西龟）等。南美白对虾为热带性虾类，在市内不能自然越冬。
　　植物资源.森林植物　全市共有各类木本植物 74科、162属。主要的乔木树种有杨、榆、槐、泡桐、臭椿、苦楝、白蜡、柏等，灌木主要有杞柳、紫穗槐等。全市有野生植物有数百种，乔木主要包括水杉、银杏、杜仲等，灌木资源有枸杞等。经济树栽培以蔷薇科为主，其次是鼠李科、柿科、葡萄科、石榴科、胡桃科、芸香科等。常见草本植物资源有白茅、芦苇、香蒲、葎草、节节草、牛筋草、荩草、画眉草、喜旱莲子草、小蓬草、狗尾草、茵陈蒿、地肤、碱篷等。
　　农作物植物　菏泽市可供食用的植物有 700多种，药用植物、菌类植物 100多种。适于多类农作物栽培，农作物栽培有禾本科、豆科、锦葵科、旋花科等作物，品种众多。主要有小麦、玉米、棉花、花生、大豆、水稻、地瓜和小杂粮等。其中小麦、玉米、棉花总产量居全省前列。蔬菜、瓜类品种繁多，主要有白菜、大蒜、西瓜、西红柿、黄瓜、甜瓜、芦笋、芹菜、油菜、甘蓝、菜花、山药等，是全国著名的“西瓜之乡”“西红柿之乡”“芦笋之乡”“大蒜之乡”。菏泽市还是全国闻名的中药材生产基地，其中有名的药材有丹皮、半夏、地黄、天麻和木瓜等。水生植物主要有苇、藕、蒲草等。近年还发现一年生水生草本植物——野菱，分布于菏泽市沿黄县区，野生于水塘、河沟内，种子营养丰富，果肉鲜嫩，为国家Ⅱ级重点保护野生植物。
　　水生植物资源　菏泽市经济水生植物资源主要有莲藕、蒲子、芦苇、茭白、水芹、慈姑等。其中莲藕、蒲子、芦苇的资源量较大。茭白、水芹、慈姑在部分河道、水库、大的有水旧坑塘中有分布，资源量相对较少。